A história do mosteiro de Santa Maria de Salzedas, a sua localização e a sua relação com outros mosteiros (Tarouca e Abadia Velha) levantam muitas dificuldades de interpretação e estão na base de polémicas académicas. Do que não parece restarem dúvidas é que existiu um mosteiro anterior a este (conhecido por Abadia Velha) cuja construção foi abandonada, para se iniciar a edificação de um novo mosteiro no local onde hoje se encontra. A construção da Abadia Velha terá sido abandonada pela sua desfavorável implantação no terreno, ou por dona Teresa Afonso, viúva de Egas Moniz, ter doado aos monges (possivelmente beneditinos) um local mais aprazível. Sob a proteção de dona Teresa a comunidade floresceu e, perto do final do século XII, terá adotado o estilo de vida cisterciense apesar da sua proximidade com Tarouca proibir essa filiação. Essa prática foi certamente autorizada a título excecional, tendo em vista o tamanho e riqueza de Salzedas.
A igreja foi fundada em 1168 e sagrada em 1225. Profundamente remodelada ao gosto das respetivas épocas, a igreja oferece-nos uma interessante demonstração do modo como se sucederam as transformações arquitetónicas, desde o período românico aos finais do barroco, marcado pela influência de modelos italianos. A extinção das ordens monásticas em 1834 ditou a venda em hasta pública do espaço e recheio, ficando a igreja para o uso da paróquia. Durante anos dominaram a ruína e o abandono. Do complexo monástico, para além da igreja, apenas restam o dormitório, sobre a sacristia, onde se encontra instalado o núcleo museológico; os claustros e a casa do celeiro.
