A comunidade (muito provavelmente beneditina) de São Paulo de Almaziva terá adotado a observância cisterciense por volta do ano de 1221, por bula de Honório III, na sequência da doação que Fernando Peres faz à Ordem de Cister, a 1 de Janeiro de 1220, do lugar de Almaziva, incluindo a capela de São Paulo, entre outros lugares, e de vários bens móveis de grande riqueza. Durante o século XIII, o património do mosteiro foi aumentando, sobretudo através do ato de compra, nunca sendo alvo de muitas doações em todo a sua curta história. O sistema de comendas (a partir do século XV) terá delapidado bastante as rendas do mosteiro, o que veio a ser travado pelo abade Frei D. Jorge, monge alcobacense de carácter empreendedor que administrou Almaziva entre 1514 e 1548.
No ano de 1555, por bula de Júlio III, o mosteiro foi suprimido, tendo sido os seus bens e rendas transferidos para o Colégio do Espírito Santo (ou de S. Bernardo) que nessa época albergava em Coimbra escolares cistercienses. Por ordem do reitor, em 1559, o cenóbio foi restabelecido, para nele residir um religioso incumbido de satisfazer as necessidades espirituais da população local, situação que se manteve até à extinção das ordens religiosas (1834), ficando a sua igreja afeta à Paróquia de São Paulo de Frades.