A origem do Mosteiro é de incertezas mas, segundo Salvador Magalhães Mota, “tivera, inicialmente, uma origem eremítica, datando o primeiro cenóbio do século IX, localizado no monte de S. Miguel, perto do Santuário de Nossa Senhora da Abadia. Os eremitas terão adotado a Regra de S. Bento, entre finais do seculo XI e inícios do século XII, filiando-se, posteriormente, a Alcobaça e a Cister entre 1182-1195. Por volta do final do século XII, terão mudado de local para uma zona mais sobranceira ao Rio Cávado…”
Vários monarcas apoiaram este Mosteiro com sucessivas doações. Contudo, nos séculos XV e século XVI, entra numa crise reduzindo o número de monges.
Reconstruído durante os séculos XVII e XVIII adotou, predominantemente, o estilo barroco joanino, contudo e devido às várias intervenções verificamos a presença da arquitetura românica, maneirista, barroca, rococó, neoclássica e contemporânea.